教堂的另外一個重點(diǎn)是彩色玻璃，在教堂內(nèi)的彩色玻璃都非常特別，用玻璃制作圖像臺凸顯出圣經(jīng)里的人物或是故事，如為基督教徒會被這里的彩色玻璃所吸引，在教堂內(nèi)部總共有56個玻璃窗，31個圓形的玫瑰圖案以及25個彩色幅彩色玻璃窗的精美圖案，但是在這56個玻璃窗只有4個是最完整無瑕的，其它的玻璃窗都是在1949-1951由當(dāng)?shù)刂鹘痰木用襁M(jìn)行一些整修，而這些彩色玻璃窗都是由法國沙特爾省的LorinFirm所制造。

大教堂是為上帝而建造的，這座古老建筑的每一個細(xì)節(jié)，從精美的手工石頭，到無與倫比的中世紀(jì)彩色玻璃，都在講述著耶穌基督的故事，也充滿了各樣的見證。
到了中世紀(jì)，歐洲無數(shù)的天主教教堂都有彩色玻璃窗。然而，直到12世紀(jì)，這些窗戶都相對簡單，規(guī)模小，輪廓由厚鐵架。這是因?yàn)榱_馬式建筑——一種以厚墻和圓形形式為特征的建筑風(fēng)格——主導(dǎo)了建筑品味。
英國歷史流派的風(fēng)景畫家，彩色玻璃設(shè)計(jì)師、插畫家和雕塑家，唯美拉斐爾前派，設(shè)計(jì)的彩色玻璃在牛津大學(xué)伍斯特學(xué)院、威斯敏斯特教堂大放異彩。
近些年來，許多教堂在翻修時將恢復(fù)彩繪玻璃窗戶作為了其中的一個重要部分。對于教友來說，這是增強(qiáng)自身信仰熱忱的一種方式，而對于外教人來說，這是心目中教堂不可或缺的一個部分。這些玻璃的制作工廠來自于四面八方，既有上海教區(qū)自己的工場、也有上海和外省的一些玻璃工廠，甚至不乏從國外進(jìn)口的作品。
大教堂內(nèi)溫暖的光線，神圣的氛圍感，就來自這些無與倫比的美麗彩色玻璃窗。豐富的圖案，多樣性的雕塑，以及文物般的莊重感，構(gòu)建了大教堂令人流連忘返的宗教之旅。