教堂的另外一個重點是彩色玻璃，在教堂內(nèi)的彩色玻璃都非常特別，用玻璃制作圖像臺凸顯出圣經(jīng)里的人物或是故事，如為基督教徒會被這里的彩色玻璃所吸引，在教堂內(nèi)部總共有56個玻璃窗，31個圓形的玫瑰圖案以及25個彩色幅彩色玻璃窗的精美圖案，但是在這56個玻璃窗只有4個是最完整無瑕的，其它的玻璃窗都是在1949-1951由當?shù)刂鹘痰木用襁M行一些整修，而這些彩色玻璃窗都是由法國沙特爾省的LorinFirm所制造。

彩色玻璃，花窗玻璃為西方建筑裝飾品，常見于教堂，裝置于建筑物墻面上。在伊斯蘭教的清真寺，花窗彩色玻璃藝術也很常見。其作用原理是，當日光照射玻璃時，可以造成燦爛奪目的效果。而在電燈時代，夜間從教會內(nèi)放射出的彩光，又是氣象萬千。
在餐廳的設計中引入了觀光的概念。室內(nèi)是澳門現(xiàn)代化和歷史的縮影。私人餐廳“TATO”的設計靈感來自地標性建筑澳門塔。餐廳柜臺呈半圓形，圍繞著一根柱子，形成類似于觀景臺的結構。柱頂延伸至天花板并向外輻射，形成象征天空的空中圖案。另一方面，主餐廳則是對澳門歷史的一種揭示。圣保羅遺址、議事亭前地、葡式瓷磚、教堂彩色玻璃等建筑遺跡是關鍵的裝飾元素。
英國哥特式教堂的高聳立面與玻璃設計相結合，風格獨特而鮮明。而玫瑰窗從相對簡單的窗戶發(fā)展而來，圓形的窗戶嵌入彩色玻璃繪畫，透光形式絢麗。彩繪玻璃花窗作為教堂采用的一種重要的布道方式，通過人物形象的描繪，向廣大識字率低的民眾傳達《圣經(jīng)》故事以及歷史傳奇。